Je to těžké to takto jen podle popisu stanovit závadu. Pokud by to nezhasínalo tak bych měl podezření na dvouhmotnostní setrvačník, Spíš by to chtělo asi diagnostiku, měřené hodnoty a Log, vyhodnotit zda se něco nenajde. Muže to byt spousta možností EGR, třeba i jen poškozené hadičky na podtlaku ovládání obtoku apod.
EDIT:
Tady je třeba taky takový podobný dotaz A já bych to viděl opravdu na dvouhmotu. http://forum.skodahome.cz/topic/125561-pri-brzdeni-trasie-motor/